Bosna-Hersek'te başlayan iç savaş sırasında Mostar Köprüsü'ne ilk saldırıyı 1992'de Bosnalı Sırplar düzenledi. 1993'te Hırvat tankları köprüye daha büyük bir zarar veren saldırılarını başlattı. Kasım ayının sonunda köprü tamamen yıkıldı. Dev taşları, Neretva Nehri'nin sularına gömüldü. Mostar Köprüsü, yüzyıllar boyunca Bosna'da hoşgörü ve kültürel çeşitliliğin sembolüydü. şehrin Müslüman ve Hırvat kesimini, birbirine bağlıyordu. Köprünün yıkımı, Mostar'ın çok uluslu mirasının reddedilmesi anlamına geliyordu.
Savaş sonrasında ingiliz güçleri yıkılan köprünün yerine geçici bir demir köprü yaptı. Mostar civarındaki diğer köprüler de tahrip edildiğinden, nehrin iki yakasını birleştiren tek yapı olarak bu köprü kaldı.
Savaş sonrasında ingiliz güçleri yıkılan köprünün yerine geçici bir demir köprü yaptı. Mostar civarındaki diğer köprüler de tahrip edildiğinden, nehrin iki yakasını birleştiren tek yapı olarak bu köprü kaldı.